נשיא הלשכה נבחר בבחירות אישיות ישירות וחשאיות אחת לשלוש שנים. הוא מכהן כראש הלשכה ויושב ראש של האסיפות הכלליות של הוועד המרכזי, של הנשיאות ושל המועצה המייעצת שלה.

נשיאות הלשכה מהווה ועד מנהל שלה. היא מורכבת מנשיא העומד בראשה, ארבעה סגנים, מזכיר כבוד וגזבר כבוד וכן מנשיא שקדם ומחבר/ה שמוחלט לצרף להרכב מפעם לפעם.    

חברי הוועד המרכזי נבחרים אחת לשלוש שנים בבחירות אישיות. הוועד המרכזי מהווה דירקטוריון הלשכה, שהיא חברה ציבורית בערבות מוגבלת. 
הוועד המרכזי עוסק בשורה של נושאים לקביעת מדיניות והתווית קווי פעולה לאישור קבלת חברים וגריעתם, מינויים וביטולם, העמדה לדין ועוד.

חברי הוועד המרכזי של לשכת רואי חשבון לשנים 2006-2009

הוועדות השונות, לרבות פורומים, צוותי משימה וועדות אד הוק, מהווה את  התשתית ואת האמצעי החשיבתי, הגיבושי והיישומי לכל הפעילויות של הלשכה. 
חתכי פעילות הוועדות הם בעיקר: מקצועיים בביקורת חשבונות ובנושאי חשבונאות מקצועיים וארגוניים בנושאים של מסים על הכנסה, חוק מס ערך מוסף, חוק הביטוח הלאומי וחוקים אחרים, אירגוניים בתחומי יחסי חוץ, כללי התנהגות, הדרכה, הכשרה וארועי השתלמות מקצועית וארגונית.

ועדי המרחבים והסניפים נבחרים על ידי רואי החשבון במרחבים או הסניפים. הם אחראים בפני אסיפת חברי המרחב או הסניף. נציג אחד מכל ועד של מרחב חבר בוועד המרכזי של הלשכה. ועדי המרחבים והסניפים נבחרים על ידי חברי המרחבים או הסניפים, לפי העניין. הם אחראים בפני אסיפות החברים של המרחב (או הסניף).

ואלו הם המרחבים והסניפים של לשכת רואי חשבון בישראל:

מרחב תל אביב והמרכז

מרחב ירושליים
מרחב חיפה והצפון

סניף באר שבע והדרום
סניף נצרת והעמקים
סניף נתניה -חדרה